蛋白质组深度覆盖分析(in-depth proteome)已成 为蛋白质组学研究的发展趋势, 通过大规模鉴定和 挖掘极低丰度的蛋白, 为信号通路、分子靶点和生物 标志物的研究提供重要信息. 然而, 由于全蛋白样本 的复杂性, 蛋白质组深度鉴定对色谱分离要求很高, 通常需要进行二维分离(强阴离子交换、高pH反相等), 或使用一维长梯度分离, 以降低高丰度蛋白的干扰 [1,2] . 但这样消耗了大量时间, 重现性也不佳, 成为蛋 白质组深度覆盖研究的瓶颈. 

静电场轨道阱(orbitrap)质量分析器具有超高分 辨率、超高灵敏度等特点, 有效推动了蛋白质组学的 发展[3,4] . 新型 Q-OT-qIT(Orbitrap Fusion)质谱系统将四极杆(quadrupole, Q)、静电场轨道阱(orbitrap, OT)和线性离子阱(linear quadrupole ion trap, qIT) 3 种 质量分析器集为一体, 利用动态扫描管理技术, 实现 了 3 种质量分析器同时工作并相互协作, 一级、二级 扫描同时进行, 使分析效率达到大化[5] . Hebert 等 人[6]利用 Q-OT-qIT 质谱, 5 次重复实验, 在 70 min 有 效梯度下鉴定到约 4000 个酵母蛋白, 同样的结果, 目前的文献报道至少需要 4 h, 分析效率(单位时间蛋 白鉴定数量)提高了 4 倍以上[7,8] . 基于此, Hebert 等 人[6]提出“一小时酵母蛋白质组”的概念, 即 1 h 左右的短梯度实现酵母蛋白质组深度覆盖. 蛋白质 组学已进入新的时代.