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Q Exactive HF DIA实现高通量 酵母蛋白质组定量

发布时间:2019/4/14   点击次数:413
 
提 供 商: 上海斯迈欧分析仪器有限公司 资料大小:
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数据非依赖性的扫描模式(data-independent acquisition, DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式(1)。 DIA 扫描模式中,利用超高分辨质谱对特定质量范围内的 所有母离子进行碎裂,采集所有母离子的碎片离子,并依 次快速地扫描相邻的母离子窗口内的所有碎片离子。DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。因 此,可以用非常小的质量偏差窗口(如 10 ppm)目标性 地抽提同一肽段的多个子离子,计算子离子的强度,就能 对该肽段进行鉴定和定量。相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量,DIA 定量具有选择性好和定量准确等优点,因 此 DIA 成为定量蛋白组学新的热门发展方向(2)。

 

赛默飞Q Exactive HF 是赛默飞世尔科技在 2014 年的 ASMS 上 推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪(3, 4)。Q Exactive HF 采用了分段式四级杆技术(Advanced Quadrupole Technology,AQT)使离子传输效率至少提高了 2 倍;超 高场 Orbitrap 技术,提高了 Orbitrap 扫描速度,在 15000 分辨率时,二级谱图的扫描速度是 20 Hz。这两项技术提 高了 Q Exactive HF 进行 DDA 和 DIA 数据的采集能力。 本文用 Q Exactive HF 质谱,90 min 色谱梯度对酵母蛋白 质组进行 DIA 定量分析,考察 Q Exacive HF DIA 定量的 能力。

 

 

实验材料和方法
两种状态的酵母(A,B),样品中加入iRT 肽段用于保留 时间校正,分别取 1 µg 进行 DDA 和 DIA 数据采集,DDA 用于建立谱图库,DIA 用于定量,每种采集模式重复 3 遍。

 

 

液相色谱分离 
液相色谱仪:Thermo Scientific Easy-nLC 1000;色谱柱: analytical column(C18,3 µm,100Å,75 µm x 15 cm); 流 动 相:A:0.1% Formic acid in water;B:0.1% Formic acid in Acetonitrile; 梯 度: 3% - 10% B in 5 min, 10% - 30% B in 76 min,30%-90% B in 5 min, 90% - 90% B in 4 min;流速:300 nL/min

 

 
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