目前利用高分辨质谱仪能够对细胞的全蛋白质组进行深度覆盖,鉴定细胞内接 近全蛋白质组的蛋白数目[1-3],同时对于多种生物学过程中所涉及的翻译后修饰 也能进行深度的鉴定和定量[4]。质谱仪的能力和样品前处理是影响实验结果的两 大重要因素,本文主要分析样品前处理过程中不同蛋白提取液对动物组织全蛋 白质组鉴定的影响 细胞裂解和蛋白质提取一般采取机械和物理两种方法相结合。传统的机械裂解 如研磨、反复冻融、超声与溶液内剪切等对细胞进行破碎,为了提高蛋白提取 效率,机械裂解的同时加入表面活性剂或变性剂,破坏细胞及细胞器脂膜同时 增加蛋白溶解度[5]。常用的表面活性剂分为离子型、两性离子型和非离子型三大 类,常添加的非离子型表面活性剂有 Triton X-100 和 NP-40 二者可使蛋白质 小化变性;离子型的表面活性剂 SDS,可*溶解细胞膜,蛋白提取效率高, 但蛋白质*变性失活。常用的蛋白变性剂如尿素和盐酸胍,能够断裂蛋白氢 键,使蛋白发生不同程度的变性,同时增大疏水氨基酸残基在水相中的溶解度。 因此根据实验目的、样品类型以及样品量选择合适的机械裂解与蛋白提取液, 将有助于提高蛋白质组研究的深度 液相色谱仪:EASY nLC1000(ThermoFisher Scientific) 分析柱:自制 C18 纳升级喷针柱,长度 15 cm, 内径 75 µm,粒径 3 µm 流动相:A,0.1% 甲酸 / 水;B, 0.1% 甲酸 / 乙腈 |